Il traghetto da Pythagorio ad Agathonisi collega le due isole greche di Samos e Agathonisi. La rotta è offerta fino a 5 volte a settimana dalla compagnia di navigazione Dodekanisos Seaways. Il tempo di percorrenza è di circa 35 minuti.
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35 min| Collegamento traghetto: | Pythagorio - Agathonisi |
| Porto di partenza: |  Pythagorio |
| Porto di destinazione: | Agathonisi |
| Partenze: | 5 volte a settimana |
| Compagnie di navigazione: | Dodekanisos Seaways |